Nakon završavanja studija radi kao pravni savjetnik za više jugoslovenskih firmi. 1970. godine, piše Islamsku deklaraciju – opću raspravu o politici i islamu. Upravo ta studija, napisana šezdesetih godina prošlog stoljeća, bit će često uzimana kao dokaz o Izetbegovićevoj političkoj naklonjenosti islamskom fundamentalizmu.
Islamska deklaracija je bila zabranjena u Jugoslaviji. Do 1980. godine. godina kada izlazi njegova druga knjiga Islam između Istoka i Zapada, Islamska deklaracija je u Jugoslaviji skoro nepoznata. U drugoj knjizi pokušava definirati položaj bosanskih Muslimana, islama, među ostalim idejama, te razlike između evropske i islamske kulture. Zbog Islamske deklaracije, na političkom procesu 1983. godine, optužen je, zajedno sa dvanaest muslimanskih intelektualaca, za planiranje stvaranja islamske države i osuđen na 14 godina zatvora. Mada u knjizi se ne spominje niti Bosna i Hercegovina, niti Jugoslavija, Deklaracija je bila jedan od značajnih dokaza na sudu. Nakon političkih promjena u Jugoslaviji, izlazi na slobodu nakon pet godina 1988. godine.
1990. godine Izetbegović, sa Fikretom Abdićem, Adilom Zulfikarpašićom i još nekolicinom političara osniva Stranku demokratske akcije (SDA). Zbog tadašnjeg prijedloga zakona o zabrani političkih partija sa nacionalnim predznakom, SDA nema nacionalno definirani naziv, za razliku od druge dvije novoosnovane partije u Bosni i Hercegovini Hrvatske demokratske zajednice (HDZ) i Srpske demokratske stranke (SDS). Na izborima 1990. godine za skupštinu SR BiH izborima za člana sedmočlanog predsjedništva SR BiH, Stranka demokratske akcije osvaja 35,85 % i time najveći broj glasova. Prvo mjesto na predsjedničkim izborima osvaja Fikret Abdić, ali nakon internih diskusija u partiji, Abdić ustupa mjesto predsjednika predsjedništva SR BiH Izetbegoviću. Nakon otcjepljenja i proglašavanja samostalnosti Slovenije i Hrvatske od Jugoslavije 1991. godine, Izetbegović vidi mjesto Bosne i Hercegovine u ostatku Jugoslavije, u jednoj tzv. zdravoj federaciji, koja bi političkom reorganizacijom, naslijedila bivšu državu. Sve do odluka nekoliko vlada evropskih država Evropske Unije 15. januara 1992. godine, o političkom priznanju Slovenije i Hrvatske, Izetbegović pokušava izbjeći kritiku velikosrpske politike prema Bosni i Hercegovini. Politički nespretno ignorisanje sukoba i razaranja sela Ravna kod Trebinja, izjavom “…da to nije naš rat…”, Predsjedništvo BiH pokušava izbjeći otvorene sukobe sa JNA i srpskim političarima iz tadašnjeg Predsjedništva Jugoslavije. Ratom u Sloveniji i Hrvatskoj, te jačanjem vojnih aktivnosti Jugoslavenske narodne armije (JNA) i na teritoriju Bosne i Hercegovine, dolazi do odluke o referendumu za nezavisnost Bosne i Hercegovine. Na referendumu održanom 29. februara i 1.marta 1992. godine oko 90% Hrvata i Bošnjaka u općinama gdje je na izborima pobijedila stranka SDA ili HDZ, glasa za samostalnost, dok se u općinama gdje je nakon izbora 1990. godine pobijedila Srpska demokratska stranka ili Srpski pokret obnove (SPO), referendum bojkotuju.
Svoj posao u Predsjedništvu BiH sve je teže podnosio, manjkalo je svježine i koncentracije. Pred izbore septembru 1998. godine ozbiljno je razmišljao da se ne kandidira. U maju te godine napisao je pismo koje je bilo naslovljeno „mojim prijateljima“ i uputio ga na tridesetak adresa. Izrazio je želju da se povuče. No, stranačke kolege smatrale su da predizborni period nije zgodan za ovaj čin. Tako je ostavka odgođena za sljedeći milenij, dakle, sve dok 2. juna 2000.godine. Bio je petak, vraćajući se sa džume, Izetbegović je donio je neopozivu odluku: odlučio se povući! Pozvao je svog dobrog poznanika Senada Hadžifejzovića, urednika RTVBiH, i zatražio mu termin da saopći važnu vijest. Bio je to utorak, 6. juna 2000. Izetbegović se pojavio u Dnevniku TVBiH u 19.30 sati i pročitao sljedeću izjavu:
Alija Izetbegović je umro 19. oktobra 2003. godine. Taj dan, kao i sljedeći, kao da se nebo izlilo na bosanski glavni grad. Duge kolone ljudi, Bosanaca i Hercegovaca, ali i brojne delegacije iz cijelog svijeta, željeli su mu odati posljednju počast. Alija Izetbegović sahranjen je na Šehidskom mezarju Kovači u Sarajevu.
(HISTORIJA.BA)